Menyadari bahwa tersedianya tenaga kerja yang cukup lagi terampil merupakan salah satu persyaratan pokok bagi terwujudnya program nuklir nasional, maka pada tanggal 5 Desember 1974 antara Universitas Gadjah Mada (UGM) dan Badan Tenaga Atom Nasional (BATAN) – yang kini berubah nama menjadi Badan Tenaga Nuklir Nasional (BATAN) –terjalin suatu Kerjasama Induk. Pendidikan teknik nuklir di UGM merupakan salah satu perwujudan dari kerjasama tersebut. Dalam perkembangannya Departemen Teknik Nuklir dan Teknik Fisika UGM menyelenggarakan dua program studi sarjana S-1 yaitu Program Studi Teknik Nuklir dan Program Studi Teknik Fisika.
Pada tahun 2016, Departemen Teknik Nuklir dan Teknik Fisika UGM memulai pelaksanaan amanat dari Surat Keputusan Rektor Universitas Gadjah Mada No. 1378/P/SK/HT/2015 tertanggal 21 September 2015 untuk menyelenggarakan Program Magister Program Studi Teknik Fisika. Ijin operasional penyelenggaraan program studi tersebut diatur dalam Surat Keputusan Rektor Universitas Gadjah Mada No. 515/UN1.P.1/SK/HUKOR/2016 tertanggal 15 Februari 2016. Sejak saat itu, Program Magister Program Studi Magister Teknik Fisika dipimpin oleh Dr. Ing. Singgih Hawibowo hingga bulan Oktober 2021. Sejak bulan November 2021, pengelola Program Magister Program Studi Teknik Fisika dipimpin oleh Dr. Gea Oswah Fatah Parikesit, S.T., M.Sc.